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RNA pull down技術
RNA pull down用體外轉錄法標記生物素RNA探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質復合物。該復合物可與鏈霉親和素標記的磁珠結合，從而與孵育液中的其他成分分離。復合物洗脫后，通過Western Blot檢測特定的RNA結合蛋白是否與RNA相互作用，質譜實驗檢測特定的RNA結合蛋白鑒定蛋白質類型。
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凝膠遷移實驗EMSA/EMSA
蛋白質可以與末端標記的核酸探針結合，在瓊脂糖膠或非變性膠中電泳時這種復合物比無蛋白結合的探針在凝膠中泳動的速度慢，即表現為相對滯后。該方法可用于檢測DNA結合蛋白、RNA結合蛋白，并可通過加入特異性的抗體（supershift）來檢測特定的蛋白質，進行未知蛋白的鑒定。
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RIP技術（RNA結合蛋白免疫沉淀）
RIP技術（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA結合蛋白免疫沉淀），是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術。分析與目的蛋白結合的RNA.運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來，然后經過分離純化就可以對結合在復合物上的RNA進行分析
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染色質免疫共沉淀（chip）/Chip assay/chip-seq
染色質免疫共沉淀技術主要應用于驗證及探尋體內環境中，蛋白質和DNA的直接相互作用，旨在探索特定蛋白質在DNA上的特定結合序列，常在研究轉錄調控以及組蛋白修飾中被應用到。
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免疫共沉淀（CO-IP）/CO-IP/免疫共沉淀
以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的用于研究蛋白質相互作用的經典方法，當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內存在的許多蛋白質－蛋白質間的相互作用被保留了下來。如果用蛋白質x的抗體免疫沉淀x，那么與x在體內結合的蛋白質y也能沉淀下來。
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免疫沉淀（IP）/IP/免疫沉淀
在細胞生物學研究中，有些靶蛋白表達水平不高，難以用免疫印跡的方法檢測到。為此可用特異性識別靶蛋白的抗體進行免疫沉淀，純化和富集靶抗原。
